Bp Włodarczyk urodził się 25 lutego 1961 roku w Sławnie. Po zdaniu egzaminu dojrzałości w roku 1981 wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego w Paradyżu, gdzie wtedy studiowali klerycy z diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. Ukończył już koszalińskie seminarium przyjęciem święceń prezbiteratu 21 czerwca 1987 roku.

Jego pierwszą placówką wikariuszowską była parafia pw. Matki Bożej Częstochowskiej w Lipiu, gdzie poznał bliżej Ruch Światło-Życie. 1 października 1988 roku mianowany został dyrektorem Domu Rekolekcyjnego w Iłowcu, a od roku 1989 – dyrektorem Domu Rekolekcyjnego w Koszalinie.

W latach 1990-2005 ks. Włodarczyk był diecezjalnym duszpasterzem rodzin, obrońcą węzła małżeńskiego w Sądzie Biskupim, asystentem kościelnym Wspólnoty Dzieci Łaski Bożej, moderatorem diecezjalnym Domowego Kościoła, czyli rodzinnej gałęzi Ruchu Światło-Życie.

14 września 2002 roku został mianowany kanonikiem gremialnym Kolegiackiej Kapituły Pilskiej. Ks. Włodarczyk w latach 2000-2005 odpowiadał za budowę Centrum Edukacyjno-Formacyjnego w Koszalinie i był jego pierwszym dyrektorem.

21 lutego 2005 roku ukończył studia w zakresie teologii pastoralnej na Wydziale Teologii Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie, broniąc pracę doktorską pod tytułem „Model duchowości małżeńskiej i rodzinnej we współczesnych ruchach rodzinnych w Polsce”.

W roku akademickim 2006/2007 pełnił funkcję wicerektora Wyższego Seminarium Duchownego w Koszalinie. W latach 2007-2016 był dyrektorem Wydziału Duszpasterskiego Kurii Biskupiej. Jest członkiem Kolegium Konsultorów i Rady Kapłańskiej oraz sędzią Sądu Biskupiego. Papież Benedykt XVI obdarzył go godnością kapelana Jego Świątobliwości. Ks. Włodarczyk przez cały czas swojej posługi kapłańskiej angażował się także w duszpasterstwo trzeźwościowe.

W ramach Konferencji Episkopatu Polski bp Włodarczyk jest Delegatem ds. Ruchu Światło-Życie.

7 maja 2016 roku papież Franciszek mianował ks. Krzysztofa Włodarczyka biskupem pomocniczym diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej, przydzielając mu stolicę tytularną Surista (obecnie na terenie Algierii). 11 czerwca 2016 roku przyjął święcenia biskupie w konkatedrze kołobrzeskiej.